Dicom tools

更新日2021-03-26 (金) 17:17:22

DCMTK-DICOMツールキット

Dicomファイルのタグを表示、変更など出来るコマンドツール

ダウンロード

dcmtkの使い方

設定

  • 環境変数の設定
DCMDICTPATH=C:\usr\dcmtk-3.6.6-win64-dynamic\share\dcmtk\dicom.dic
DCMTK=C:\usr\dcmtk-3.6.6-win64-dynamic\bin
PATH=%PATH%;%DCMTK%;%DCMDICTPATH%

タグの内容の変更例

dcmodify -i (0010,0010)="DCMTK^TARO" XXX.dcm
dcmodify -i (0010,0020)=5 XXX.dcm

UIDの生成

一般的なDICOMサーバやワークステーションはデータを重複させることを避けるように設定されています。この設定に利用されるのがUIDです。一枚一枚のDICOMファイルを世界に1つしかないデータとして一意性を持たせるためにこれらのUIDが付加されます。

dcmodify -gst -gse -gin  xxx.dcm
  • -gst --gen-stud-uid
    • 新しいスタディインスタンスUIDを生成する(0020,000D)
    •  Studyの変更あり。変更した画像は別Studyになる
  • -gse --gen-ser-uid
    • 新しいシリーズインスタンスUIDを生成する(0020,000E)
    •  シリーズの変更あり、変更した画像は個々に別のシリーズになる。
  • -gin --gen-inst-uid
    • 新しいSOPインスタンスUIDを生成する(0008,0018)
    •  シリーズの変更なし。変更前と同じシリーズに入る
    • 合わせてMediaStorageSOPInstanceUID(0002,0003)もSOPInstanceUID(0008,0018)と同じ値に変更する。
    • ImplementationClassUID(0002,0012)の[1.2.276.0.7230010.3]まで(0008,0018)tと同じになる

参考

一般社団法人 日本画像医療システム工業会【JIRA】

UIDのいろいろ

  • SOPClassUID (0008,0016) 画像種別のID
    	1.2.840.10008.5.1.4.1.1.1 : CR Image Storage
    	1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4 : MR Image Storage
    	1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7 : SC Image Storage OT(DAX)
    
    	1.2.840.10008.5.1.4.2.2.2 : Study Root Query/Retrieve Model-MOVE

(参考 https://www.konicaminolta.jp/healthcare/attached/pdf/P151YA111B_090627_Fix.pdf)

装置のサービスクラスがSCU側とSCP側両方にないとPACSデータは送れない。 (参考 https://www.jira-net.or.jp/dicom/file/dicom_2010+JSRT-SERIES-2-SOP.pdf)

  • SOPInstanceUID (0008,0018) 個々の画像に割り付けられたユニークID
    • 1.2.392.200036.9125.9.0.606128489.184550760.2143973690
      	1:ISO
      	2:加盟機関(経済産業省)
      	392:日本工業標準調査会
      	200036:日本画像医療システム工業会(JIRA)
      	9125:ベンダーコード
      	以下任意の枝番号
      
      	ベンダーコード
      		1:ESAOTE
      		5:GEヘルスケア株式会社(GE Healthcare)
      		9125:FUJIFILM Corporation
  • 媒体保存SOPインスタンスUID(0002,0003) [mediastoragesopinstanceuid]
    ファイルに配置され、ファイルメタ情報に続くデータセットに関連付けられたSOPインス タンスを一意に識別します。
  • DICOMのアプリケーションコンテキスト名
  • 「1.2.840.10008.3.1.1.1」

アプリケーションコンテキスト名:基点となるUIDは米国商務省が米国内で使われている標準規格に付けた番号

SOP・SCP・SCUについて

サービス(機能)を利用する側をサービスクラスユーザ(SCU)、サービスを提供する側をサービスクラスプロバイダ(SCP)と言います。保存(Storage)というサービスを要求するのは通常モダリティで、提供するのは PACS などの保管装置です。PACS が CT と MR と CR の画像を保存できるのであれば、その PACS は 3 種類のオブジェクトに対してサービスできる、つまり3つの SOP クラスをサポートしていることになります

  • SOP
    • オブジェクト(O):撮影(MR.CR等)画像、患者情報、検査報告書等のこと
    • サービス(S):保存する、印刷する、探す、送る等のこと
    • 組み合わせ(P):オブジェクト と サービスの組み合わせ
  • TransferSyntaxUID (0002,0010)

UID = <org root>.<suffix>

org root>="1.2.840.10008"は、DICOM定義のアイテム(DICOM転送構文など)用に予約されており、プライベート定義のアイテム(イメージインスタンスなど)には使用しない

注:DICOMファイルで、(0002 0003)「メディアストレージSOPインスタンスUID」と(0008 0018)「SOPインスタンスUID」は同じ

注)Conquest Dicom サーバにデータの転送時の注意

名前とIDを変更してConquestに転送しようしたら以下のように保存できない。 Studyインスタンスに一貫性がない

[HOSPITAL1] ***Refused to enter inconsistent link PatientID into DICOMStudies:\
PatientID = '5' StudyInsta = '1.2.392.200036.9125.2.24963615215859.64966294736.5616347', Old='2711', Refused='5'
↑
ID 2711に同じ StudyInstanceUIDがあるので、保存できない。
[HOSPITAL1] ***Error saving to SQL: 5\1.2.392.200036.9125.3.24963615215859.\
64966300406.5792171_1001_001001_1616473545006b.dcm
↑
上記のようなファイル名で保存しようとして,里燭瓩任なかった。

以下のコマンドでStudyInstanceUIDを変更する

dcmodify -gst -gse -gin *

*はフォルダ内部をすべてのファイルを変更。この時変更される以下のフィリップスは同じになる
1.2.276.0.7230010.3.1.2.285293932.2544.1616474554.XXXXXX

注)このようにするとConquestに転送できるようになる。
ただし、同一Studyだった画像が別Studyとして認識される。

例)以下のようになる
1Study 2Series ⇒ 2Study 1Series

そこで、StudyInstanceUID(0020,000d)がすべて異なるためこのような問題が生じる そこですべて同じStudyInstanceUID(0020,000d)に変更する。

Conquest Dicom Serverの患者表示氏名について

同じPatientIDでUpされた氏名は後からUpしたデータに書き換わる
例)CRでUpしたときはカタカナで後からMRをアップしたときはアルファベットになる
DBのテーブルdicompatientsが変更される

DB上のAccessTime

UNIXタイムスタンプで格納されている

  • Mysqlで日付書式に変換する方法
mysql> SELECT FROM_UNIXTIME(1616461984);
+---------------------------+
| FROM_UNIXTIME(1616461984) |
+---------------------------+
| 2021-03-23 10:13:04       |
+---------------------------+
1 row in set (0.02 sec)
  • dicomstudiesテーブルの検査時間を変換するには
mysql> SELECT TIME_FORMAT(104937.977 , '%H:%i:%s');
+--------------------------------------+
| TIME_FORMAT(104937.977 , '%H:%i:%s') |
+--------------------------------------+
| 10:49:37                             |
+--------------------------------------+
1 row in set (0.03 sec)

DICOMデータの一般的なファイル構造

DICOMデータの中の1つの構造で、一般的には下に示すような構造になっている。

通常の型タグ(4バイト)・VR(2バイト)・値長さ(2バイト)・値
VRがない場合タグ(4バイト)・値長さ(4バイト)・値
VRがOB、OW、SQの場合タグ(4バイト)・VR(2バイト)・空白(2バイト)・値長さ(2バイト)・値

参考


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Last-modified: 2021-03-26 (金) 17:17:22 (26d)